Bajern je osnovan 1900. godine, a u prvih četvrt veka nije nije imao zapaženije uspehe. U drugoj polovini Vajmarske Republike osvojili su dva šampionata Južne Nemačke i prvu titulu nacionalnog prvaka - 1932. godine. Sledeće godine su upravo iz njihovog grada na vlast u zemlji stigli nacisti i potpisali smrtnu presudu za klub. Predsednik i trener kluba u to doba su bili Jevreji, koji su napustili zemlju da bi sačuvali život.
Klub je posle Drugog svetskog rata igrao u lokalnoj Oberligi (jednoj od pet u Nemačkoj) i jednom čak ispao iz nje, pre nego što će 1957. osvojiti prvi (od 13) trofeja u Kupu. Loši rezultati nisu preporučili Bajern za mesto u uvodnoj Bundesligi, pa su u najviši ligaški rang stigli tek u trećoj sezoni. Međutim, već tada su osnove postavljene - trener Zlatko Čajkovski organizovao je mladi tim, predvođen Bekenbauerom, Milerom i Majerom, koji će dominirati duže od decenije. Bajern je ubrzo počeo da ređa trofeje, uključujući i tri uzastopne evropske titule (1974, 1975. i 1976).
Krajem 1980-ih (osvajanjem desete titule) Bajern je od Nirnberga preuzeo titulu Rekordmajstera, malo zatim Keln je svrgnut sa prvog mesta večne tabele Bundeslige.
Tokom proteklih desetak godina Bajern je otišao korak dalje. Iz sezone u sezonu u srce Bavarske stiži najbolji fudbaleri glavnih rivala u ligi, što ima loš uticaj na samo takmičenje, ali stvara potpunu dominaciju Bajerna. Nasuprot tome, Bajern ima velike probleme da održi korak sa rivalima iz bogatijih liga u Engleskoj, Španiji i Italiji, a doba kada su njegovi igrači pet puta u 12 godina bili birani za najbolje na kontinentu je pluskvamperfekat. Rangiran je kao treći u listi FIFA najboljih klubova 20. veka.